学校坚持“应用型、地方性、开放式”的办学定位,积极开展中外合作、校地合作、校企合作、校际合作,促进合作办学、合作育人、合作发展。与美国沙罗斯州立大学(Sul Ross State University)开展“2+2”学士学位和“3+1+1”硕士学位学生培养项目;与山东农业大学等签订战略合作协议,在人才培养、学科发展、队伍建设和科学研究等方面开展多方位合作;与知名企业合作共建了计算机科学与技术(3D仿真技术方向)、计算机科学与技术(软件外包方向)、电子信息科学与技术(物联网方向)等专业;制定了《菏泽学院服务菏泽科学发展行动计划(2011-2015)》,校地合作更加紧密。