贝琼曾祖贝珪，宋理宗时由苏州徙崇德（今浙江桐乡），筑室语儿溪上，遂为史山。史山即殳山（今属浙江海宁双山乡）。贝琼约生于元成宗大德初，卒于明太祖洪武十二年，年八十余岁。少年时即颖悟，性坦率，不修边幅而笃志好学，博通经史百家。师事同乡黄次山、会稽杨维桢。元末世乱，隐居教授，往来于华亭（今江苏松江）、海昌（今浙江海宁）间，生徒云集。又曾主教幽湖（今桐乡濮院）朱显道家。48岁时始领乡荐，游京师，作《真真曲》，由此知名。时张士诚据平江（今苏州市），贝琼隐居殳山，累征不就。

明洪武三年(1370)，举明经，召修《元史》。同官李敏卿等称其叙事直而不徇。史成，受赐归乡。洪武五年，奉命出任浙江乡试官。次年，任国子助教，后改作中都国子监，教授勋臣子弟。与张美和、聂铉齐名，时称“成均三助”。曾叹古乐衰废，堂堂成均（官设学校），徒具其名，作《大韶赋》以寄感慨。在史馆，与金华宋景濂相友善，凡有著作，常互相推让。及景濂为司业，建议祀伏羲、神农、黄帝、尧、舜、禹、汤、文、武于天子之学。太祖拒不采用，而当时犹有赞同者，琼乃作《释奠》以解辩之，赢得识者之赞赏。其坚持正道，大多类此。洪武十一年，致仕归。翌年，卒于家，葬于语儿乡。

贝琼有子5人，大多有文名。次子贝翱字秀翔，能诗，著有《平淡集》。