早年经历

袁恕己在长安年间官至司刑寺少卿，兼相王府司马。

拜相封王

705年（神龙元年），武则天病重。袁恕己与张柬之、崔玄暐、桓彦范、敬晖等人趁机发动兵变，诛杀张易之兄弟，拥立唐中宗复位。他随相王李旦统率南衙禁军，以防止不测，捕获韦承庆、崔神庆等张氏党羽，因功升任中书侍郎、同中书门下三品，并封银青光禄大夫、南阳郡公，不久又升任中书令，加特进。

当时，武三思仍在朝中为相。他与韦皇后私通，在中宗面前不断进谗，称袁恕己等人恃功专权，并提出明升暗降的计策。五月，桓彦范、敬晖、张柬之、崔玄暐、袁恕己五人被罢去宰相之职，加封郡王，只能在每月初一十五上朝面君。其中，袁恕己被封为南阳郡王。

贬官遇害

706年（神龙二年），袁恕己被贬出朝廷，担任豫州刺史，不久又贬为郢州刺史。不久，驸马都尉王同皎谋诛武三思，事泄被杀。武三思趁机诬陷袁恕己等人与王同皎同谋，暗中指使许州司功参军郑愔向朝廷告发。唐中宗于是将袁恕己贬为窦州司马，并剥夺封爵。

同年七月，武三思暗中命人将韦皇后淫乱后宫之事大肆宣扬，并嫁祸给袁恕己等人。唐中宗大怒，将袁恕己流放环州。不久，武三思命周利贞暗杀袁恕己。周利贞知道袁恕己平时喜欢吞食黄金，便逼他喝下野葛汁。袁恕己体内毒发，疼痛难忍，以手抓地，指甲全被磨尽，但仍不能死，最终被周利贞击杀。

平反昭雪

710年（景云元年），袁恕己被追复官爵，赐谥贞烈。

718年（开元六年），唐玄宗将袁恕己的灵位放入唐中宗的宗庙中。

782年（建中三年），唐德宗又追赠袁恕己为太子太傅。