1879年（清光绪五年），于右任出生于陕西三原县东关河道巷。

1895年（清光绪二十一年）以第一名成绩考入县学，成为秀才。

1897年（清光绪二十三年），在三原宏道书院、泾阳味经书院和西安关中书院继续求学，受教于刘古愚，与吴宓、张季鸾并称为“关学”余脉。

1898年（清光绪二十四年），参加岁试，以第一名成绩补廪膳生，被陕西提督学政叶尔恺誉为“西北奇才”。

1900年（清光绪二十六年），八国联军攻陷北京，慈禧、光绪帝出逃西安，参加“跪迎”，写下诗篇，自编成《半哭半笑楼诗草》，于1903年冬在三原印行。

1904年（清光绪三十年），清廷下令拿办于右任。于逃离开封到上海，化名刘学裕，入马相伯创办的震旦学院读书。

1905年（清光绪三十一年），于右任出钱、出关系并聘用马相伯、叶仲裕、邵力子等共同另行筹组复旦公学（今复旦大学），中秋节正式开学。

1906年4月（清光绪三十二年），于右任为创办《神州日报》赴日本考察新闻并募集办报经费，在日本得会孙中山，并加入同盟会。

1907年起（清宣统二年），先后创办《神州日报》、《民立报》积极宣传民主革命。

1912年春，于右任辞职，回上海继续办报。“二次革命”失败，《民立报》被查封，于避居日本，从事反袁斗争。

1922年10月，于右任创办上海大学并担任校长。1924年，国民党在广州召开第一次全国代表大会，于右任当选为中央执行委员。

1926年，与冯玉祥、刘觉民等人解救西安之围，出任驻陕总司令。担任国民政府审计院长、监察院长。

1928年9月，担任私立南通大学（Nantung University）校董（1930年11月，私立南通大学更名为私立南通学院）。

1929年始，从事历代草书之研究，1932年发起成立草书研究社，创办《草书月刊》。

1932年秋，筹备建设国立西北农林专科学校（今西北农林科技大学)。

1964年，因为政治原因而长期郁闷成疾，病逝于台北。