清光绪五年(1879)十二月十三日生于北京。3岁丧父，从北京父亲官邸返回家乡，8岁入学，1897年，19岁参加乡试名列第一，中举人。光绪三十一年（1905）冬，毕业于广东饶平师范学堂。宣统二年（1910）赴北京殿试，名列文科第二。任建郡中学堂（今南城一中前身）监督（校长），大力整顿校务，添置设备，广络人才，校内气象一新。后任江西省视学。他一向关心时局，留意新学，反对清朝统治，先后在蔡元培、章太炎主办的《警钟日报》、友人铁姗创办的《晓钟日报》及于右任的《民呼报》上撰文鼓吹革命。武昌起义爆发时，任《江西民报》（原名《自治日报》）主笔，率先登载武昌起义与九江响应独立的文件布告，亲撰社论《满城风雨近重阳》，以犀利的文锋、深邃的剖析，呼出“满清政府从此长辞矣”而震惊报坛。同时，积极参与筹划江西独立事宜，主持南昌地区各界联席会议，对南昌光复有一定贡献。

1912年，作为江西代表之一赴南京拜谒孙中山，汇报江西光复情况。回来后任省民社副支部长。次年，当选为国会众议院议员，兼宪法起草委员会委员，主编《醒华报》。此后，出任四川将军署秘书长、巡按署秘书、政务厅厅长。1917年，赴广州参加非常国会，受孙中山之命任川滇劳军使，前往调停川、滇两军。随后，任军政府列席政治会议秘书兼交通部主任秘书，参谋部秘书长。1919年，出任国会宪法起草委员会理事兼书记长，主持起草宪法，至1924年北伐开始时止。

1929年，转向投身实业。先后充任浙江长兴煤矿、湖北鄂城铁矿、江西乐平锰矿董事会常务理事。后因时局动荡，外商背信弃约，3个企业先后倒闭。

1930年秋，到庐山。经过认真调查、亲身履勘、广泛咨访、查阅典籍档案资料，并邀请著名科学家胡先骕、李四光一起，历时4年，完成了《庐山志》稿并付印。《庐山志》中设有7纲12卷30目，其中“山政”一纲，汇记了庐山的纵横之史迹，叙述山上各租借地诸交涉案，以及行政机构、教育、礼俗、方言等与政治相关的内容。此纲的设置，在中国山志纂修史上实属首例。同时，参与校订《清史稿》。

1936年秋，应聘为中山大学研究院与文学院教授，专门讲授《清史》、《中国民族同化史》、《方志学》等课程。1939年，任西南联大教授，讲授《通史》、《中国文化史》、《清史》、《七十年来中日交涉史》等课程。

1940年12月，应约为重修《江西通志》筹备委员会主任、《江西通志》馆馆长兼总纂、江西省文献委员会主任委员，直到1949年2月。在主持《江西通志》纂修的10年中，克服了因时局变迁出现的行政上、人事上、馆址上、经济上的诸多困难，一如既往地搜集、整理资料，制订出编纂方案、大纲、体例，并重视旧志材料的运用和最新科学技术及其成果的应用，聘用各学科的专家、学者共同参与，编成了多种地方志专稿。铅印或油印成《江西明、清两代之民族问题》、《江西新人物志稿》、《江西八十三县历代沿革地图集》、《辛亥革命光复大事记长篇》等10余种。新编志稿体例新颖、内容丰富、史料翔可靠，有所创新。他主张“修志以实用为归”，“重在实学。”

解放前夕，为避免《江西通志》稿件的散失，将资料运到南丰保存，新中国建立后，将全部档案、图籍、资料和志稿运回，交给江西省文物管理委员会收藏。1950年1月，受聘为江西省人民政府参事室参事。1951年11月，吴宗慈因患血管硬化症医治无效去世。