朱孝臧，归安（今湖州）埭溪渚上彊村人。父光第（字杏簪），初幕游江淮间，光绪中曾任河南邓州知州，后被劾落职卒于河南。朱孝臧童年爱好文学，随父在河南生活。光绪八年（1882年）中举，光绪九年（1883年）中癸未科二甲一名进士，改庶吉士，散馆授编修，历官会典馆总纂总校、侍讲学士、礼部侍郎、兼署吏部侍郎。光绪三十年（1904年），出为广东学政，因与总督不和，最后辞官，寓居苏州，任教于江苏法政学堂。

光绪二十六年（1900），义和团包围外国使馆，董福祥部击毙日本外交官。朱孝臧上疏反对仇教开衅，因触怒西太后等，几获罪。次年《辛丑条约》签订后，以“忠心谋国”升为内阁学士，擢为礼部侍郎。是年秋，外放广东学政。因与总督意见不合，引病退职，卜居苏州。不久，被聘为江西法政学堂监督。宣统元年（1909），为弼德院顾问大臣，因病未赴任。辛亥革命后，隐居上海。袁世凯欲聘为高等顾问，一笑拒之，后在天津以君礼参拜废帝溥仪，卒于上海。

朱孝臧有亲兄弟三人：二弟孝威，分省补用道；三弟祖谦，江苏候补巡检；四弟祖誉，国史馆誊录。朱孝臧原配严氏封一品夫人，侧室陆氏。严氏出一子：方诒，二品荫生，官山东通判。才隽有父风，壮年殒折。娶夏氏，孙桐第二女也。孙一：贞同，奇慧先殇。所以继大宗者尤可待。晚抚仲弟子方饬为嗣。