金圣叹生于1608年3月3日（万历三十六年四月十七日），童年贫困孤独，九岁入读私塾，刻苦勤奋，思想独立，喜爱阅读，尤其沉迷于《水浒传》，成年后考取秀才，耗费无度，以致常处贫困。金圣叹笃信神佛，喜读佛经和结交僧人，擅长扶乩降灵，自称为佛教天台宗祖师智顗弟子的转世化身，托名“泐庵”法师，士大夫尊称为“泐公”或“泐师”，20岁起开始在吴县扶乩，自称收纳30多个已逝女子为冥间弟子，1635-1637年间最活跃，曾到叶绍袁、钱谦益、姚希孟、戴汝义等士大夫家中扶乩，写出优美感人的篇章，往往说中事主的心思，受叶绍袁等人的崇信；钱谦益直言金圣叹好像受某种神灵支配。其后他绝意仕宦，埋首书本，约在1641年评点小说《水浒传》，1656年刊行评点王实甫《西厢记》，此外编辑唐诗选集《唐才子书》8卷，编写八股文应试范本《制义才子书》，并注释杜甫诗集。他亦开堂招生讲学，旁征博引，炫耀才学，颇受当地士庶赞赏。他为人狂放不羁，能文善诗，因岁试作文怪诞而被黜革。后为应科试，改称金人瑞，考第一，但绝意仕进，以读书著述为乐。评注不少古典，奇才也。

顺治十七年（1660年），皇帝对金圣叹的作品加以赞美“此是古文高手，莫以时文眼看他。”他听说后，随即“感而泣下，因向北叩首”。

顺治十八年（1661年），吴县新任县令任维初为追收欠税，鞭打百姓，亏空常平仓的漕粮，激起苏州士人愤怒。3月初，金圣叹与一百多个士人到孔庙聚集，悼念顺治帝驾崩，借机发泄积愤，到衙门给江苏巡抚朱国治上呈状纸，控诉任维初，要求罢免其职。朱国治下令逮捕其中11人，并为任维初遮瞒回护，上报京城诸生倡乱抗税，并惊动先帝之灵。清朝有意威慑江南士族，再逮捕金圣叹等7个士人，在江宁会审，严刑拷问，以叛逆罪判处斩首（顺治十八年七月十三日），于8月7日行刑，是为哭庙案。

临死前金圣叹看见家人，神色自若的说：“莲子心中苦，梨儿腹内酸。”他的家人一听，忍不住嚎啕大哭，围观的人也都为之鼻酸，而潸然泪下。金圣叹财产充公，家属发配满洲。金圣叹仅向巡抚示威，并无意造反，却遭贪官陷害，在狱中悔恨交加，念念不忘、难以释怀的是才子书评点尚未完成，辜负生平志业。过身后，族兄金昌收集编辑其著作与遗稿，题为《唱经堂才子书汇稿》出版，儿子金雍则编集他对唐诗的评解，题《唐才子诗甲集》出版。

传说圣叹死后托梦给朱眉方，说他已成为邓尉山神。邓尉山在苏州西南七十里光福镇，又名万峰山，前瞰太湖，风景极佳。邓尉山多梅树，花开时一望如雪，如颂圣叹人品之高洁。

墓葬在苏州吴中区藏书五峰山下博士坞，江苏省文物保护单位。传在今河北省阜城县曾有衣冠冢一座。